SV 1899 Merseburg är en tysk fotbollsklubb grundad 1899 i staden Merseburg i Sachsen-Anhalt. Klubben har spelat sina hemmamatcher på Blumesportplatz sedan 1952.

Merseburg spelade i DDR-Oberliga (Östtysklands högsta division) under säsongen 1961/62. Efter Tysklands återförening 1990 placerades Merseburg i den tyska fjärde divisionen, Oberliga Nordost. Laget har spelat i den divisionen de flesta åren sedan dess, med undantag för säsongerna 2003/04 och 2008/09, då de spelade i NOFV-Oberliga Süd (femte divisionen).

Merseburgs största framgångar är segern i Östtysklands cup 1951 och finalplatsen 1950. I DFB-Pokal (Tysklands cup) har de nått den andra omgången vid två tillfällen, 1990/91 och 2002/03.