CA Independiente Neuquén är en argentinsk fotbollsklubb från staden Neuquén i provinsen Neuquén. Klubben grundades den 1 mars 1937 och spelar för närvarande i Torneo Federal A, den tredje nivån av argentinsk fotboll.

Independiente Neuquén har vunnit Torneo del Interior två gånger, 1993 och 2004. Klubben har också tävlat i Copa Argentina vid sju tillfällen, och nådde den andra omgången 2013 och 2015.

Några av de mest kända spelarna som har spelat för Independiente Neuquén är:
- Juan Martín Lucero
- Enzo Kalinski
- Ricardo Noir
- Federico Manassero
- Jonathan Bustos

Klubbens hemmaarena är Estadio La Chacra, som har en kapacitet på 9 000 åskådare.