FC Flora, bildad 1990, är en fotbollsförening från Tallinn i Estland. Laget spelar i grönvita matchställ. FC Flora har hemfört estländska mästerskapet i fotboll för herrar vid sju tillfällen: 1993/94, 1994/95, 1997/98, 1998, 2001, 2002, 2003. Vidare har Flora vunnit estländska cupen vid två tillfällen: 1994/1995 och 1998. Hemmaarena är A.Le Coq Arena med 9 300 åskådarplatser. Säsongen 2005 slutade Flora på fjärdeplats i ligan, vilket innebar att de missade medalj för första gången på 12 år.