Panionios U20 är ett grekiskt fotbollslag som spelar i Super League 2, det grekiska fotbollssystemets näst högsta division. Klubben är baserad i Nea Smyrni, Aten.

Panionios U20 grundades 1991 och har vunnit det grekiska U20-mästerskapet en gång, 2011. Klubben har också vunnit Greklands cup för U20 tre gånger, 2010, 2012 och 2013.

Panionios U20 har representerat Grekland i UEFA Youth League ett antal gånger. Deras bästa resultat var 2011, då de nådde semifinal i tävlingen.

Lagets nuvarande huvudtränare är Dimitris Kaloudis. Några av klubbens mest kända spelare genom tiderna är Kostas Mitroglou, Dimitrios Siovas och Giannis Maniatis.