FC Carl Zeiss Jena, är en tysk fotbollsklubb grundad 1903, med säte i staden Jena, Thüringen.
Klubben grundades ursprungligen som ett brukslag vid Carl Zeiss i Jena. Företaget har haft nära band till klubben, där bland annat stadion fått namn efter Ernst Abbe, en av företagets ledare och utvecklare. Klubben bytte efter andra världskriget till en början ofta namn, men återtog under 1960-talet det ursprungliga namnet.